Procalcitonin combined to point of care molecular respiratory panel testing for antibiotic stewardship in the emergency room: the PROARRAY study

Introduction: Molecular syndromic respiratory panel (RP) or procalcitonin (PCT)-driven algorithms have reported conflicting efficacy for antibiotic ATB) stewardship in LRTI. We hypothesized that combining real-time PCT measurement and virus identification would reduce ATB exposition in LRTI suspicions presenting to the emergency department (ED). Method(s): PROARRAY study is a prospective, randomized interventional trial, conducted in the adult ED of an academic 1600-bed hospital. Patients attending the ED with a suspicion of LRTI were randomized into the intervention arm (systematic PCT measurement and point of care BIOFIRE RP2plus (then 2.1) testing, with the recommendation to withhold or withdraw ATB if PCT < 0.25 mug/L and/or identification of a virus) or a standard of care (SOC) arm. The primary endpoint was the duration of antibiotic exposure in the first 28 days. Result(s): 451 patients were randomized (intervention: 225, SOC: 226), mean age 62.5 +/- 19.4 years, hospitalization rate 59.9%, mean length of stay 7.4 +/- 8.4 days. Main diagnoses were CAP (n = 129), COVID-19 (n = 91), AECOPD (n = 31). The BIOFIRE RP2.1plus identified at least one viral species in 112 patients (49.8%). The duration of ATB exposition in ITT population was 6.00 [0.00;9.00] and 5.00 [0.00-9.00] days in the SOC and interventional arm respectively (p = 0.71). ATB was started in 31.3% and 34.1% respectively (p = 0.54). ATB exposure was below 6 days in 100 (47.2%) and 108 patients (50.59%) respectively (p = 0.58). Conclusion(s): Displaying real-time PCT and RP results failed to significantly reduce the ATB exposition in LRTI suspicions. However, the ATB duration and rate of initiation were already low in SOC arm, which comprised PCT measurement in routine in our ED. Routine PCT measurement probably participated to the lower median ATB duration (6.0 days) than hypothesized (9.0 days) and argues for the main contribution of PCT in ATB stewardship. Moreover, as the intervention was done at ED's level, we did not control for ATB stewardship in wards for inpatients.

Retour d'expérience sur Covisan : un dispositif médicosocial pour casser les chaînes de transmission de la Covid-19

Covisan a été mis en place à partir du 14 avril 2020 au niveau de quatre sites pilotes de l'Assistance publique-Hôpitaux de Paris (APHP) pour casser les chaînes de transmission au SARS-CoV-2 selon un modèle original déjà éprouvé en Haïti pour éliminer le choléra dans les années 2010. Le dispositif consiste en un dépistage systématique des cas possibles de Covid-19, un accompagnement dans leur confinement et une prise en charge de leurs proches. Des équipes mobiles se sont déplacées au domicile des cas contacts afin d'évaluer les possibilités d'un isolement au domicile, de proposer des aides matérielles (courses, blanchisserie, hébergement externalisé) et de dépister leurs proches. Au 17 juin 2020, 6 376 patients ont été orientés vers Covisan, parmi lesquels 153 avaient une RT-PCR (reverse transciptase polymerase chain reaction) positive au SARSCoV-2. Covisan a permis un partenariat ville–hôpital innovant, en impliquant de multiples acteurs (personnels soignants, administratifs, logisticiens, métiers de service). Les autorités sanitaires se sont d'ailleurs inspirées de ce modèle pour lutter contre l'épidémie en mettant en place le contact tracing. Covisan, qui a appris en marchant, a également rencontré quelques difficultés, en particulier au niveau de la gestion des différents statuts des personnels ainsi qu'au niveau de la communication interne et externe.Alternate abstract: COVISAN was set up from April 14, 2020 at 4 pilot sites of Assistance publique-Hôpitaux de Paris (APHP) to break the sequence of transmission of SARSCoV-2 according to an original model already proven in Haiti to eradicate cholera in the 2010s. This device relies on a systematic screening of the possible COVID-19 cases, assistance in their containment and care for their close relatives. Mobile teams carried out home visits to evaluate the possibilities of home confinement, to propose material help (errands, laundry, outsourcing accommodation) and to propose a screening of their relatives. By June 17, 2020, 6376 patients have been moved towards COVISAN, and 153 had a positive RT–PCR to SARS-CoV-2. COVISAN has made possible an innovating town-hospital partnership, involving multiple actors (nursing staff, administrative staff, logistician, and service professions). Health authorities have decided to model their strategy to control the SARSCoV-2 spread closely to COVISAN's, and implemented "contact tracing”. COVISAN that learned by doing, has also encountered some difficulties, mainly concerning the different staff statutes and also with the internal and external communication.

Herpesviridae lung reactivation and infection in patients with severe Covid-19 or influenza virus pneumonia: a comparative study

Background. Lung reactivations of Herpesviridae, herpes simplex virus (HSV) and cytomegalovirus (CMV) have been reported in Covid-19 patients. Whether or not those viral reactivations are more frequent than in other patients is not known. Methods. Retrospective monocentric cohort study of 145 patients with severe Covid-19 pneumonia requiring invasive mechanical ventilation and who were tested for HSV and CMV in bronchoalveolar lavage performed during fiberoptic bronchoscopy for ventilator-associated pneumonia suspicion. Rates of HSV and CMV lung reactivations, and HSV bronchopneumonitis were assessed and compared with an historical cohort of 89 patients with severe influenza pneumonia requiring invasive mechanical ventilation. Results. Among the 145 Covid-19 patients included, 50% and 42 % had HSV and CMV lung reactivations, respectively;whereas among the 89 influenza patients, 63% and 28% had CMV lung reactivations, respectively. Cumulative incidence of HSV lung reactivation (taking into account extubation and death as competing events) was higher in influenza than in Covid-19 patients (p = 0.03, see figure 1), whereas the rate of HSV bronchopneumonitis was similar in both groups (31% and 25%, respectively). Cumulative incidence of CMV lung reactivation (taking into account extubation and death as competing events) was similar in Covid-19 and influenza patients (p=0.07). Outcomes of patients with HSV or CMV lung reactivations were similar to that of patients without, whatever the underlying conditions, i.e., in Covid-19 patients, in influenza patients, or when all patients were grouped. Estimated cumulative incidence of herpes simplex virus (HSV) lung reactivation, extubation or death in Covid-19 and influenza patients, taking into account only the first event that occurred. p values for differences between Covid-19 and influenza patients were 0.03 for HSV reactivation, 0.53 for death and 0.87 for extubation. Conclusion. HSV andCMVlung reactivations are frequent in Covid-19 patients, but not more frequent than in patients with influenza-associated severe pneumonia, despite a higher severity of illness at intensive care unit (ICU) admission of the latter and a longer duration of mechanical ventilation of the former. Although no impact on outcome of HSV and CMV lung reactivations was detected, the effect of antiviral treatment against these Herpesviridae remains to be determined in these patients. (Figure Presented).

Early phylodynamics analysis of the COVID-19 epidemic in France

France was one of the first countries to be reached by the COVID-19 pandemic. Here, we analyse 196 SARS-Cov-2 genomes collected between Jan 24 and Mar 24 2020, and perform a phylodynamics analysis. In particular, we analyse the doubling time, reproduction number (Rt) and infection duration associated with the epidemic wave that was detected in incidence data starting from Feb 27. Different models suggest a slowing down of the epidemic in Mar, which would be consistent with the implementation of the national lock-down on Mar 17. The inferred distributions for the effective infection duration and Rt are in line with those estimated from contact tracing data. Finally, based on the available sequence data, we estimate that the French epidemic wave originated between mid-Jan and early Feb. Overall, this analysis shows the potential to use sequence genomic data to inform public health decisions in an epidemic crisis context and calls for further analyses with denser sampling.

Sharing of experience about COVISAN: A medical and social system to break the sequence of transmission of COVID-19

COVISAN was set up from April 14, 2020 at 4 pilot sites of Assistance publique-Hôpitaux de Paris (APHP) to break the sequence of transmission of SARSCoV-2 according to an original model already proven in Haiti to eradicate cholera in the 2010s. This device relies on a systematic screening of the possible COVID-19 cases, assistance in their containment and care for their close relatives. Mobile teams carried out home visits to evaluate the possibilities of home confinement, to propose material help (errands, laundry, outsourcing accommodation) and to propose a screening of their relatives. By June 17, 2020, 6376 patients have been moved towards COVISAN, and 153 had a positive RT-PCR to SARS-CoV-2. COVISAN has made possible an innovating town-hospital partnership, involving multiple actors (nursing staff, administrative staff, logistician, and service professions). Health authorities have decided to model their strategy to control the SARSCoV-2 spread closely to COVISAN's, and implemented “contact tracing”. COVISAN that learned by doing, has also encountered some difficulties, mainly concerning the different staff statutes and also with the internal and external communication.

Ventilator-associated pneumonia in patients with SARS-COV-2-associated acute respiratory failure requiring mechanical ventilation: A retrospective cohort study

Background: Data on incidence, clinical presentation and outcomes of ventilator-associated pneumonia (VAP) in patients with severe coronavirus disease 2019 (COVID-19) pneumonia requiring mechanical ventilation (MV) are limited. Methods: Case series of patients with COVID-19 pneumonia admitted to a single ICU in France. All consecutive patients requiring MV with RT-PCR-confirmed SARS-CoV-2 infection between March 12th and April 24th, 2020 were included. Frequency, clinical characteristics, responsible pathogens and outcomes of VAP were assessed, and compared to an historical cohort of patients with severe influenza-associated pneumonia requiring MV admitted to the same ICU during the preceding three winter seasons. Results: Fifty-four consecutive patients with COVID-19-associated respiratory failure requiring MV were included (median (IQR) age 48 (42-58) years;74% male;93% requiring veno-venous ECMO). VAP occurred in 46 (85%) of them (median (IQR) prior MV duration before the first episode, 11 (8-16) days) (Table 1). Pathogens responsible for VAP were predominantly Enterobacteriaceae (72%), and particularly inducible AmpC-cephalosporinase producers (41%), followed by Pseudomonas aeruginosa (35%) (Table 2). Pulmonary infection recurrence and death were observed in 46 (85%) and 17 (31%) patients, respectively. Details on recurrent episodes and pathogens responsible for recurrences are given in Table 3. Most recurrences were relapse (i.e. infection with the same pathogen), with a high proportion occurring during antimicrobial treatment despite its adequacy. Despite a high rate of P. aeruginosa VAP in patients with influenza-associated ARDS, pulmonary infection recurrence rate was significantly lower than in patients with COVID-19. Overall mortality was similar in the two groups. Baseline characteristics of patientsConclusion: Patients with severe COVID-19-associated respiratory failure requiring MV had a very high late-onset VAP rate. Inducible AmpC cephalosporinase- producing Enterobacteriaceae and Pseudomonas aeruginosa appeared to be frequently responsible for VAP, with multiple subsequent episodes and difficulties to eradicate the pathogen from the lung.

AMBUCOV : description d’un système de dépistage hospitalier en ambulatoire en réponse à l’épidémie de CoViD-19

Introduction Suite à la déclaration d’épidémie de pneumopathies au nouveau coronavirus CoViD-19 en Chine en décembre 2019, 11 patients ont été confirmés infectés en France du 20/01 au 10/02/2020 dont 5 en Île-de-France. Devant l’afflux de personnes nécessitant un dépistage et le manque de place en unité d’isolement dans les établissements de soins référent (ESR), un système dégradé d’accueil pour le dépistage des cas suspects de CoViD-19 a été élaboré. En concertation avec les autorités sanitaires françaises et la direction de l’hôpital, le département des maladies infectieuses a développé le projet AmbuCoV pour pouvoir accueillir au mieux et sans délais toutes les personnes qui lui étaient adressées. Matériels et méthodes Mise en place d’une unité dédiée pour la prise en charge des personnes nécessitant un dépistage pour le CoViD-19 et ne justifiant pas d’une hospitalisation. L’unité AmbuCoV, ouverte 24h/24 et 7j/7, a fonctionné avec le personnel minimum et respecté un parcours patient développé par l’équipe pluridisciplinaire du service pour le dépistage et l’isolement au sein de l’établissement. Le laboratoire de virologie procédait à deux séries de PCR par jour, avec un rendu des résultats vers 13h pour les prélèvements envoyés avant 8h, et 19h pour ceux envoyés avant 14h. Une évaluation interne a été menée afin d’évaluer quantitativement et qualitativement ce dispositif. Résultats AmbuCoV a été ouvert le 31 janvier 2020 et comprenait 22 lits répartis en 16 chambres. Une infirmière effectuait le prélèvement nasopharyngé et la prise des constantes dans le box dédié en pression négative de l’unite d’isolement. Les personnes sans ATCD et paucisymptomatiques (constantes normales, t<38°C, absence de dyspnée et de toux) étaient accompagnées pour être isolées dans l’unité AmbuCoV jusqu’à réception des résultats. Ces patients ne nécessitant pas de soins infirmiers, une aide-soignante présente dans l’unité en permanence répondait à leurs besoins et assurait le lien avec les infirmières et médecins du service. En cas d’infection CoViD-19 confirmée les patients devaient être hospitalisés dans l’unité d’isolement. Les deux premières semaines, 15 personnes de 10 à 48 ans ont été admises dans AmbuCov soit 20 % des personnes admises pour dépistage du CoViD-19 dans notre ESR. Nous présentons en photos et à l’aide de figures la procédure et le parcours des personnes prises en charge. Aucune personne suspecte d’infection à CoViD-19 ne s’est vue refusée l’admission pour dépistage dans notre ESR. Les usagers et le personnel soignant se sont montrés satisfaits de ce programme. La principale limitation à l’utilisation de l’unité AmbuCoV était l’absence de pression négative dans les chambres qui contre-indiquait la prise en charge des personnes présentant une toux ou des signes broncho-pulmonaires. Un système de recyclage de l’air par appareil mobile (Plasmair) est à l’essai. Conclusion Nous avons mis en place une stratégie de dépistage ambulatoire d’une infection virale émergente pour faire face à l’augmentation de patients et de cas suspects en contexte épidémique. Cette unité baptisée AmbuCoV nous a permis de faire face rapidement et efficacement à l’afflux de personnes et pourra être réutilisée à l’avenir en cas de nouvelle épidémie. Nous souhaitons partager notre expérience, ainsi que son évaluation en termes de points forts et difficultés rencontrées, afin qu’elle puisse servir à d’autres personnels de santé.

Étude COVL : impact de la charge virale nasopharyngée du SARS-COV-2 sur l’évolution clinique en hospitalisation

Introduction Au 30 avril 2020, plus de 3 millions de personnes dans le monde étaient infectées par le coronavirus responsable du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SARS-CoV-2), dont environ 130 000 en France. Le nombre croissant de patients sur une durée courte a surchargé les structures hospitalières tant en ambulatoire (SAU) qu’en hospitalisation ou en réanimation. L’acide ribonucléique (ARN) du SARS-CoV-2 peut être détecté dans de nombreux sites anatomiques et liquides biologiques. Les prélèvements nasopharyngés (NP) sont les plus utilisés à des fins de diagnostic. La charge virale (CV) peut être estimée par le nombre de cycle de RT-PCR nécessaire pour obtenir un signal détectable. Les liens entre le niveau de CV sur un prélèvement NP et la gravité clinique, la progression et la transmission de la maladie sont insuffisamment connus. Nous avons mené une étude de cohorte rétrospective monocentrique afin d’évaluer les liens entre la CV et l’évolution de la maladie liée SARS-CoV-2 lors des quatre premiers mois de l’épidémie en France métropolitaine. Matériels et méthodes Étude rétrospective descriptive chez les adultes admis du 25 janvier au 30 avril 2020 dans un service des maladies infectieuses pour une infection SARS-CoV-2 biologiquement confirmée. Les données épidémiologiques, cliniques, biologiques et thérapeutiques ont été saisies à partir des dossiers médicaux informatisés. La charge virale ARN a été estimée dans les échantillons NP à partir des valeurs du nombre de cycle de RT-PCR nécessaire pour obtenir un signal détectable (CT) selon trois techniques successives, détectant toutes sur le gène E. du SARS-CoV-2. Une CV haute correspondait à un nombre de CT bas. Résultats Du 01/03 au 30/04/2020, 159 patients ont eu une estimation de la CV NP à l’admission : 84 hommes et 75 femmes, d’âge médian de 66 ans [28–10]. L’évolution a été défavorable pour 29 (18,2 %) patients. Dix-sept (10,7 %) ont été transférés en soins intensifs, 12 (7,5 %) patients tous âgés. Quatre-vingt-quinze patients ont pu bénéficier d’une estimation de la CV fiable. Le CT médian était de 31,49 cycles [17,84–38,88]. Il n’existait pas de différence significative de la CV NP initiale en termes de sexe ou d’âge. Toutefois une tendance d’augmentation avec l’âge existait. Sur une analyse en sous-groupe sur 46 patients ayant eu un par PCR NP une baisse de la CV a été observé au cours de l’hospitalisation. La CV NP initiale était plus élevée chez les patients décédés par rapport aux patients transférés en réanimation survivants et aux patients survivants non transférés en réanimation (CT=25,9, 30,7 et 31,5). Aucun des 29 (18,2 %) patients avec une CV faible (CT ≥ 34) n’est décédé. Conclusion La valeur du CT de RT-PCR mesurée par une technique standardisée permet d’estimée la CV des patients sur les prélèvements NP. Une CV basse semble associé à un meilleur pronostic. L’estimation de la CV nécessite d’être étudiée sur un plus grand échantillon afin d’étudier son potentiel intérêt pronostique dans l’évaluation initiale des patients.